Istorijat Veterinarskog specijalističkog instituta „Subotica“ se vodi od 1955. godine, kada osnivanjem Stočarskog veterinarskog centra započinje rad na organizovanoj i sistematskoj zdravstvenoj zaštiti životinja na epizootiološkom području Severne Bačke. Iste godine otpočinje sa radom i tržišna veterinarska inspekcija, čime delatnost veterine obuhvata ne samo zdravstvenu zaštitu već i ishranu, selekciju i uzgoj stoke i kontrolu životnih namirnica animalnog porekla.
Period do ’60-tih godina karakteriše rad na suzbijanju i iskorenjivanju zaraznih bolesti: kuge svinja, crvenog vetra, antraxa goveda, Slinavke i šapa (u sedam navrata), sakagije i durine konja, tuberkuloze goveda, svinja i živine, bruceloze i besnila.
Osnivanjem centra za veštačko semenjavanje goveda ubrzava se rad na selekciji goveda te unapređuje ishrana i način uzgoja u cilju intenziviranja stočarstva.
Period ’80-tih godina do osnivanja Veterinarsko specijalističkog instituta je period rada terenske i specijalističke (laboratorijske) službe u okviru iste institucije.
Veterinarski specijalistički institut „Subotica“ osnovan je 1992.godine kao pravni sledbenik Stočarsko veterinarskog centra, tačnije njene specijalističke službe Ovim činom se izdvaja specijalistička služba od terenske i započinje period razvoja laboratorijsko-specijalističke službe kao podrške radu terenske službe, veterinarskoj inspekciji i stručna pomoć radu i razvoju primarne stočarske proizvodnje i prerađivačkim kapacitetima iz oblasti kako proizvodnje stočne hrane, tako i namirnica animalnog porekla.
Epizootiološko – geografsko područje rada se definiše Zakonom na području pet opština: Subotica, Ada, Senta, Kanjiža i Mali Iđoš, koje predstavljaju deo Severnobačkog i Severnbanatskog okruga. Osnovna delatnost instituta obuhvata četiri oblasti veterine: epizootiologiju, laboratorijsko ispitivanje bioloških uzoraka od životinja, laboratorijsko ispitivanje namirnica animalnog porekla i rad na unapređenju reprodukcije i V.O. domaćih životinja. Kao dodatnom aktivnošću, institut se bavi i veleprodajom lekova i dijagnostičkih sredstava. Pored toga, 2005. godine je izgrađena služba za uzorakovanje na graničnom prelazu Horgoš, koja održava 24 časovno dežurstvo i obezbeđuje hladan lanac prevoza uzoraka.
Organizaciono VSI „Subotica“ se sastoji iz laboratorije, službe za zdravstvenu zaštitu životinja, službe za promet lekova, službe opštih i računskih poslova i službe za upravljanje otpadom. Deo laboratorije se bavi ispitivanjem bioloških uzoraka od životinja i uzoraka stočne hrane, pri čemu u posebnim jedinicama se izvode bakteriološka, serološklo-imunološka, parazitološka ispitivanja i mikrobiološka ispitivanja stočne hrane. Drugi deo laboratorije je zadužen za pregled uzoraka proizvoda, sirovina i otpadaka životinjskog porekla, pri čemu su posebne jedinice obrazovane za bakteriološka i parazitološka ispitivanja. Laboratorija je opremljena i osposobljena za dijagnostiku velikog broja zaraznih, parazitskih i uzgojnih bolesti domaćih životinja. Stručnjaci laboratorije takođe vrše mikrobiološku i higijensku kontrolu i konsalting u zanatskim objektima za klanje, preradu mesa i mleka. U službi za zdravstvenu zaštitu životinja su zaposleni stručnjaci iz oblasti epizootiologije, reprodukcije i VO domaćih životinja i patologije. Ova služba vrši poslove na sistematskom praćenju epizootiološke situacije, na sprovođenju Programa mera, saradnje sa vetrinarskom inspekcijom i opreativnom veterinarskom službom, na otkrivanju, kliničkoj dijagnostici, terapiji suzbijanju i iskorenjivanju zaraznih i uzgojnih bolesti, sastavljanja vakcinalnih i uzgojnih programa i konsaltinga u oblasti veterinarske medicine i intenzivne stočarske proizvodnje.
Pored stalnog zajedničkog rada sa veterinarskom inspekcijom i terenskom vetrinarskom službom VSI redovno sarađuje na polju međulaboratorijske saradnje i razmene stručnog iskustva i sa raznim institucijama iz oblasti veterinarstva i javnog zdravlja u zemlji i u inostranstvu (Fakultet veterinarske medicine u Beogradu i Budimpešti, Naučni i specijalistički veterinarski instituti, IHTM, Pasterov zavod Novi Sad, Zavod za zaštitu zdravlja Srbije „Batut“, Zavod za zaštitu zdravlja Subotica, Instittut za kontrolu sirovog mleka u Budimpešti, Državni veterinarski institut Mađarske…).
Unapređenje i razvoj specijalističkog rada u oblasti preventivne zaštite životinja kao i ispitivanja životnih namirnica životinjskog porekla, zahtevaju od VSI-a stalnu brigu o kvalitetu i pouzdanosti rezultata svojih usluga. Stalno stručno usavršavanje zaposlenih i uvođenje novih, savremenih metoda ispitivanja su jedan od uslova za postizanje ovih ciljeva.
Radi održavanja kontinuiteta unapređenja sistema rada, kao i dobre laboratorijske prakse rukovodstvo VSI-a se opredelilo da uspostavi sistem kvaliteta u celom VSI-u prema zahtevima standarda ISO 9001 i da akredituje svoju laboratoriju prema standaru ISO IEC 17025. Shodno tome menadžment sistemom kvaliteta VSI je sertifikovan 24.01. 2005. godine, dok je akreditacija laboratorije završena 9.06.2006. godine.